Az operációs rendszer tipikusan az a szoftver egy számítógép esetén, amiből sokan nem jogtiszta változatot használnak. Ennek több oka is van, az egyik természetesen a viszonylag magas ár, a másik pedig, hogy rendelkezésre állnak a nem jogtiszta változatok. Mégis jobban megéri azonban a jogtiszta operációs rendszer vásárlása.
Az egyik legnagyobb probléma a nem jogtiszta szoftverekkel már a beszerzés pillanatában gyakran fennáll, mégpedig az, hogy letöltés közben kártékony vírusok, malware-ek is lehetnek a letöltött fájlok között. Ezek pedig már a letöltéskor megfertőzhetik a számítógépet, ami komoly problémákhoz vezethet.
Szintén a letöltéskor jelentkezik az a probléma is, hogy jogilag bűncselekményt követ el, aki nem jogtiszta szoftvert, operációs rendszert használ. Sokan úgy gondolkodnak, hogy úgysem derül ki, ami valószínűleg így is lesz, de mégis érdemes ezt észben tartani.
A nem jogtiszta operációs rendszereket a gyártók is figyelik, és könnyen előfordulhat, hogy nem lehet őket frissíteni, vagy akár a működésükben, funkciójukban korlátozásra kerülnek. Mondani sem kell, hogy ezek problémák, mert nem csak a működést, hanem a biztonságot is veszélyeztethetik, amit mindenképpen ajánlott elkerülni.
A nem jogtiszta operációs rendszerekkel ráadásul gyakran sokat kell vesződni. Gyakran előfordul, hogy nem működik a korábban használt feltörési mód, az is lehet, hogy ilyenkor a teljes rendszert újra kell telepíteni, ami rengeteg időt vihet el.